ORP Czajka to ponad 54 lata współtworzenia historii Polskiej Marynarki Wojennej. 8 grudnia 2021 r., na terenie 13. Dywizjonu Trałowców w Gdyni odbyła się uroczystość ostatniego opuszczenia bandery na tym okręcie. Przez wszystkie te lata okręt realizował zróżnicowane zadania wojny minowej pod biało-czerwoną banderą. Kilkukrotnie wchodził w skład Stałego Zespołu Sił Obrony Przeciwminowej oraz Sił Odpowiedzi NATO reprezentując Polskę na arenie międzynarodowej.
Wielka przygoda dla ORP Czajka rozpoczęła się 19 września 1965 roku. Gdy w Stoczni Gdańskiej im. Komuny Paryskiej położono stępkę pod budowę ostatniego z serii 12-tu trałowców projektu 206F. Po upływie 14 miesięcy, w dniu 17 grudnia 1966 r. odbyła się uroczystość wodowania okrętu. Matką chrzestną została Pani Kazimiera Prządak.
W dniu 17 czerwca 1967 r. podniesiono na okręcie biało-czerwoną banderę. Pierwszym dowódcą został kpt. mar. Leopold Balas. Początkowe lata służby okrętu to realizacja szkolenia załóg, prezentacja bandery Marynarki Wojennej na morzu i w portach zagranicznych oraz w czasie wizyt, delegacji i wspólnych ćwiczeń międzynarodowych. W tamtym czasie brał udział w niemal wszystkich ważniejszych ćwiczeniach polskich okrętów oraz manewrach flot Układu Warszawskiego, uczestnicząc też często w unieszkodliwianiu niewybuchów, pozostałości z okresu II wojny światowej. W 1979 roku okręt zdobył miano najlepszego okrętu MW PRL. W kolejnych latach jednostka dołączyła do grupy okrętów obrony przeciwminowej, która oczyszczała z min rejon portu Świnoujście i trasy prowadzące w cieśniny duńskie.
Przełom XX i XXI wieku to okres gruntownej modernizacji okrętu. Z dawnej Czajki pozostał jedynie kadłub. Okręt został wyposażony w sprzęt i uzbrojenie spełniające wymagania zgodnie z nowymi zasadami i wymogami struktur NATO. 26 maja 2000 r. okręt ponownie wchodzi do linii jako niszczyciel min projektu 206FM, rozpoczynając drugi, ponad 20-letni okres służby pod biało-czerwoną banderą. Wielokrotnie brał udział w ćwiczeniach międzynarodowych w tym: Strong Resolve, Blue Game i Open Spirit, gdzie celem było rozminowywanie akwenów wodnych z min pozostałych po I i II Wojnie Światowej. W 2003 roku, okręt po raz pierwszy obecny był w stałym zespole obrony przeciwminowej NATO MCMFN. Obecność ta była ponawiana w roku 2004, 2007 i 2013.
W styczniu 2013 roku okręt wszedł w skład morskiego komponentu Sił Odpowiedzi NATO i przez kolejne 4 miesiące okręt pływał pod banderą NATO w składzie Stałego Zespołu Obrony Przeciwminowej NATO SNMCMG1, dowodzonego przez byłego dowódcę ORP Czajka kmdr por. Piotra Sikorę.
ORP Czajka jest to ostatnia z trzech jednostek proj. 206FM, które zostały wycofane ze służby w Marynarce Wojennej na przestrzeni ostatnich lat. Zgodnie z Planem Modernizacji Technicznej okręty te mają zostać zastąpione serią trzech nowoczesnych niszczycieli min proj. Kormoran II, budowanymi aktualnie dla Marynarki Wojennej. Pierwszy z serii ORP Kormoran wszedł do służby 28 listopada 2017 roku.
Przez ponad 54 lata okrętem dowodziło 24 oficerów. Ostatnim dowódca był kpt. mar. Wojciech Zaleski. Intensywnie eksploatowana jednostka przez całą swoją służbę wchodziła w skład 13. Dywizjonu Trałowców.
