Po raz pierwszy biało-czerwoną banderę na ORP Kontradmirał Xawery Czernicki podniesiono 1 września 2001 roku. Tym samym okręt rozpoczął swoją służbę w Marynarce Wojennej RP. Z tej okazji w piątek, 3 września, w Porcie Wojennym w Świnoujściu załoga i zaproszeni goście spotkali się na uroczystej zbiórce, a na okręcie podniesiono wielką galę banderową
Zgodnie z marynarską tradycją, rocznica pierwszego podniesienia bandery jest najważniejszym dniem w roku dla okrętu i jego załogi.Z tej okazji zorganizowana została uroczysta zbiórka podczas której obecna załoga spotkała się z zaproszonymi gośćmi, którzy przez 20 lat związani byli okrętem.Odczytano rozkaz okolicznościowy, w którym przedstawiono bogaty rodowód, historię i osiągnięcia okrętu. Rocznica podniesienia bandery była również okazją do przyznania wyróżnień załodze. Dowódca okrętu wyraził swoje uznanie marynarzom za codzienną, rzetelną służbę wymagającą wiele poświęcenia i osobistych wyrzeczeń. Przekazał także wyrazy szacunku byłym członkom załogi, żołnierzom rezerwy oraz wszystkim związanym z okrętem, dziękując im za ich lata służby na burcie ORP Kontradmirał Xawery Czernicki.
***
ORP Kontradmirał Xawery Czernicki przeznaczony jest do pełnienia roli okrętu dowodzenia siłami obrony przeciwminowej w narodowych oraz sojuszniczych zespołach okrętów. Przez 20 lat eksploatacji wniósł znaczący wkład w realizację przez Marynarkę Wojenną zadań sojuszniczych. Operował nie tylko na akwenach morskich okalających całą Europę, ale także daleko poza nimi. Brał udział m.in. w operacjach „EnduringFreedom” oraz „IraqiFreedom” w rejonie Zatoki Perskiej, a także uczestniczył w operacji antyterrorystycznej NATO pod kryptonimem „Active Endeavour” na Morzu Śródziemnym. Od 2010 roku, kiedy to po raz pierwszy podniesiono na burcie flagę NATO, okręt był trzykrotnie jednostką flagową Stałego Zespołu Sił Obrony Przeciwminowej Grupa 1. W 2017 roku został pierwszym polskim okrętem skierowanym do służby w Stałym Zespole Sił Obrony Przeciwminowej NATO Grupa 2 realizując zadania okrętu flagowego w rejonie Morza Śródziemnego, Egejskiego i Czarnego.
